src/aln_matrices.c File Reference

File that contains functions for the mangement of matrices. More...

#include "aln_matrices.h"

Include dependency graph for aln_matrices.c:


Variables

blosum_dna_matrix_t dna_full
blosum_iupac_matrix_t iupac_full

Detailed Description

File that contains functions for the mangement of matrices.

Author:
Benjamin Grenier-Boley <benjamin.grenier-boley@inria.fr>
Version:
1.02
Date:
September 2008
This file will define functions for the mangement of matrices

Variable Documentation

Initial value:

 {
  {5,-4,-4,-4, -2},
  {-4,5,-4,-4, -2},
  {-4,-4,5,-4, -2},
  {-4,-4,-4,5, -2},
  {-2,-2,-2,-2,-1}}
Basic blosum matrix

Initial value:

 {
  {5,-4,-4,-4,-4,1,1,-4,-4,1,-4,-1,-1,-1,-2,-4},
  {-4,5,-4,-4,-4,1,-4,1,1,-4,-1,-4,-1,-1,-2,5},
  {-4,-4,5,-4,1,-4,1,-4,1,-4,-1,-1,-4,-1,-2,-4},
  {-4,-4,-4,5,1,-4,-4,1,-4,1,-1,-1,-1,-4,-2,-4},
  {-4,-4,1,1,-1,-4,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-3,-3,-1,-4},
  {1,1,-4,-4,-4,-1,-2,-2,-2,-2,-3,-3,-1,-1,-1,1},
  {1,-4,1,-4,-2,-2,-1,-4,-2,-2,-3,-1,-3,-1,-1,-4},
  {-4,1,-4,1,-2,-2,-4,-1,-2,-2,-1,-3,-1,-3,-1,1},
  {-4,1,1,-4,-2,-2,-2,-2,-1,-4,-1,-3,-3,-1,-1,1},
  {1,-4,-4,1,-2,-2,-2,-2,-4,-1,-3,-1,-1,-3,-1,-4},
  {-4,-1,-1,-1,-1,-3,-3,-1,-1,-3,-1,-2,-2,-2,-1,-1},
  {-1,-4,-1,-1,-1,-3,-1,-3,-3,-1,-2,-1,-2,-2,-1,-4},
  {-1,-1,-4,-1,-3,-1,-3,-1,-3,-1,-2,-2,-1,-2,-1,-1},
  {-1,-1,-1,-4,-3,-1,-1,-3,-1,-3,-2,-2,-2,-1,-1,-1},
  {-2,-2,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2},
  {-4,5,-4,-4,-4,1,-4,1,1,-4,-1,-4,-1,-1,-2,5}}
Basic IUPAC blosum matrix

Referenced by aln(), and small_in_large().


Generated on Mon Sep 22 16:34:09 2008 for matt_ygraph by  doxygen 1.5.5